Tổng cục Dự trữ Nhà nước được tổ chức theo hệ thống dọc với 3 cấp quản lý từ Trung ương đến các vùng chiến lược trên địa bàn cả nước. Cục Dự trữ Nhà nước khu vực, Chi cục Dự trữ Nhà nước có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước.

a. Cơ quan Tổng cục Dự trữ Nhà nước tại Trung ương:

• Vụ Tài vụ—Quản trị;
• Vụ Chính sách và Pháp chế;
• Vụ Kế hoạch;
• Vụ Khoa học và Công nghệ bảo quản;
• Vụ Quản lý hàng dự trữ;
• Vụ Tổ chức cán bộ;
• Vụ Thanh tra - Kiểm tra;
• Văn phòng Tổng cục - có các phòng:

- Phòng Tổng hợp;

- Phòng Hành Chính - Quản trị;

- Phòng Tài chính - Kế toán.

• Cục Công nghệ thông tin, thống kê và Kiểm định hàng dự trữ - có các phòng, trung tâm trực thuộc:

- Phòng Tổng hợp và Thống kê dự trữ;

- Phòng Quản lý Cơ sở Dữ liệu;

- Phòng Quản lý kỹ thuật hệ thống;

- Trung tâm Kiểm định hàng dự trữ.  

Vụ Chính sách và Pháp chế, Vụ Kế hoạch, Vụ Khoa học và Công nghệ bảo quản, Vụ Quản lý hàng dự trữ, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Tài vụ - Quản trị và Vụ Thanh tra - Kiểm tra không có tổ chức phòng.

Các tổ chức quy định từ điểm 1 đến điểm 9 là tổ chức hành chính giúp Tổng Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước.

b. 22 Cục Dự trữ Nhà nước khu vực thuộc Tổng cục Dự trữ Nhà nước, bao gồm các Cục Dự trữ Nhà nước khu vực: Hà Nội; Tây Bắc; Hoàng Liên Sơn; Vĩnh Phú; Bắc Thái; Hà Bắc; Hải Hưng; Đông Bắc; Thái Bình; Hà Nam Ninh; Thanh Hóa; Nghệ Tĩnh; Bình Trị Thiên; Đà Nẵng; Nghĩa Bình; Nam Trung Bộ; Bắc Tây Nguyên; Nam Tây Nguyên; Đông Nam Bộ; thành phố Hồ Chí Minh; Cửu Long; Tây Nam Bộ.

• Các tổ chức giúp việc Cục trưởng Cục Dự trữ Nhà nước khu vực, gồm:

- Phòng Kế hoạch và Quản lý hàng dự trữ;

- Phòng Kỹ thuật bảo quản;

- Phòng Tài chính kế toán;

- Phòng Tổ chức - Hành chính;

- Phòng Thanh tra.

• Các Chi cục Dự trữ Nhà nước trực thuộc Cục Dự trữ Nhà nước khu vực, gồm các bộ phận nghiệp vụ sau:

- Bộ phận Tài vụ - Quản trị;

- Bộ phận Kỹ thuật bảo quản;

- Các Kho dự trữ.